দেশের বিভিন্ন স্থানে মসজিদ নির্মাণ আল-খায়ের ফাউন্ডেশনের অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ উদ্যোগ বলে বিবেচিত। মসজিদ মুসলিম ধর্মাবলম্বীদের পরম আশ্রস্থল। ধর্মঅন্তপ্রাণ মানুষ যেন তাদের ইবাদত বা ধর্মচর্চা সুষ্ঠুভাবে পালন করতে পারে সেই জন্য আল-খায়ের ফাউন্ডেশন প্রতিবছর মসজিদ নির্মাণের প্রকল্প নিয়ে থাকে। 

ফাউন্ডেশনের উদ্যোগে বিগত তিন বছরে অর্থাৎ ২০২২, ’২৩ ও ’২৪ সালে ময়মনসিংহ, কক্সবাজার, বরিশাল, সিলেট, সুনামগঞ্জ, মৌলভিবাজার, হবিগঞ্জ, ঠাকুরগাঁও, টাঙ্গাইল, চট্টগ্রাম, গাইবান্ধা মাদারিপুর ও কুমিল্লায় সর্বমোট ৪১টি মসজিদ নির্মাণ করা হয়।