মসজিদ নির্মাণ আল খায়ের ফাউন্ডেশনের অন্যতম একটি গুরুত্বপূর্ণ উদ্যোগ বলে।

মসজিদ মুসলিম ধর্মাবলম্বীদের আশ্রস্থল। দেশের সংখ্যাগরিষ্ঠ মানুষ মুসলমান হলেও ধর্মীয় সুযোগ-সুবিধা ভোগ করার ক্ষেত্রে বরাবরই বৈষম্যের মুখোমুখি হয়।

ধর্ম অন্তপ্রাণ মানুষ তাদের ধর্মচর্চার অধিকার যেন সুনিশ্চিতভাবে পায় সেজন্য আল খায়ের ফাউন্ডেশন প্রতিবছর মসজিদ নির্মাণের প্রকল্প নিয়ে থাকে।

শুধুমাত্র ২০২২ ও ২০২৩ সালে ৩৫টি মসজিদ নির্মণ করেছে আল-খায়ের ফাউন্ডেশন বাংলাদেশ।

২০২২ সালে ফাউন্ডেশনের তরফে ময়মনসিংহ, কক্সবাজার, বরিশাল, সিলেট, সুনামগঞ্জ, মৌলভিবাজার, হবিগঞ্জ, ঠাঁকুরগাঁও, টাঙ্গাইল, চট্টগ্রাম ও গাইবান্ধায় মোট ২২টি মসজিদ নির্মাণ করা হয় এবং ২০২৩ সালে ফাউন্ডেশনের বিনিয়োগে সিলেট, কক্সবাজার, বরিশাল, মাদারিপুর ও কুমিল্লায় ১৩টি মসজিদ নির্মাণ করা হয়।