আল খায়ের ফাউন্ডেশন বাংলাদেশের হাফেজ শিশুদের নিয়ে আলাদা কার্যক্রম চালু রয়েছে। সংস্থা এতিম হাফেজদের সুযোগ-সুবিধা ও মৌলিক অধিকার নিশ্চিত করার জন্য সবসময় নানা উদ্যোগ নিয়ে থাকে।

৪০৭ জন হাফেজ শিশুর খাদ্যসামগ্রী, শিক্ষা উপকরণ, আর্থিক সহায়তাসহ নানা ধরনের সহযোগীতা সংস্থা থেকে দেয়া হয়। ঢাকা, রাজনগর, কামালগঞ্জ, কুলাউড়া, শায়েস্তাগঞ্জ, হবিগঞ্জ সদর, নান্দাইল, রাঙ্গুনিয়া, সিলেট সদর, গোয়াইনঘাট, বেলাগঞ্জ, ফেনি সদর, রাজবাড়ি সদর, কক্সবাজার, পটুয়াখালী সদর, তাহিরপুর, বেতাগি, শিবগঞ্জ ও তালায় আল-খায়ের ফাউন্ডেশনের এ কার্যক্রম চলমান রয়েছে।

২০২৩ সালে আল খায়ের ফাউন্ডেশন ৩০০ হাফেজ শিশুদের সহযোগীতা করে। ঢাকা, রাজনগর, কামালগঞ্জ, কুলাউড়া, শায়েস্তাগঞ্জ, হবিগঞ্জ সদর, নান্দাইল, রাঙ্গুনিয়া, সিলেট সদর, গোয়াইনঘাট, বেলাগঞ্জ, ফেনি সদর, রাজবাড়ি সদর, কক্সবাজার, পটুয়াখালী সদর, তাহিরপুর, বেতাগি, শিবগঞ্জ ও বাউফলের মতো জেলা ও উপজেলা পর্যায়ে কার্যক্রম পরিচালনা করেছিল।