সুবিধাবঞ্চিত মানুষকে স্বাস্থ্যসেবা প্রদানের লক্ষ্যে আল-খায়ের ফাউন্ডেশন স্বা্স্থ্যসেবা কর্মসূচি বাস্থবায়ন করে চলেছে। এর আওতায় পরিচালিত মেডিকেল ক্যাম্প ও চক্ষু শিবির থেকে দরিদ্রমানুষ বিনামূল্যে চিকিৎসাসেবা, ছানি অপারেশ প্রয়োজনীয় ওষুধ ও চশমা পেয়ে থাকে।   

• চোখের ছানি অপারেশন: বাংলাদেশে অসংখ্য মানুষকে চোখের সমস্যাজনিত কারণে চশমা বা অন্য চিকিৎসাসেবা নিতে হয়। বিবিসির এক প্রতিবেদন অনুসারে বাংলাদেশে দৃষ্টি প্রতিবন্ধী মানুষের সংখ্যা প্রায় সাড়ে ৯ লাখ আর মাঝারি থেকে তীব্র চোখের সমস্যায় ভোগেন প্রায় ৭৫ লাখ মানুষ। দৃষ্টি প্রতিবন্ধীদের অনেকেই নানা ধরণের হয়রানির শিকার হন। এই দৃষ্টি প্রতিবন্ধকতার অন্যমত কারণ চোখের ছানি। ছানি অপারেশন ব্যয়বহুল হওয়ায় প্রত্যন্ত ও গ্রামীন জনপদের নিম্ন আয়ের মানুষ চিকিৎসাসেবা না নিয়ে অন্ধত্বকে বরণ করতে বাধ্য হয়। অভাবগ্রস্ত মানুষের চোখের আলো ফিরিয়ে দেওয়ার মহান ব্রত নিয়ে আল-খায়ের ফাউন্ডেশন প্রত্যন্ত ও গ্রামীন পর্যায়ে কাজ করে যাচ্ছে। সংস্থা দেশের বিভিন্ন স্থানে বিনামূল্যে চক্ষু চিকিৎসাসেবা ক্যাম্প ও ছানি অপারেশন প্রকল্পটি পরিচালনা করে থাকে। ঢাকা, ময়মনসিংহ, পটুয়াখালী, মৌলভিবাজারসহ দেশের বিভিন্ন জেলায় ক্যাম্প পরিচালনা করে এখন পর্যন্ত ১২,২৪৩ জনকে বিনামূল্যে চোখের চিকিৎসাসেবা, ওষুধ, চশমা এবং ছানি রোগিদের আপারেশনের ব্যবস্থা করেছে।  
• স্বাস্থ্যসেবা ক্যাম্প: বাংলাদেশে ধর্মীয় সভা বা ওয়াজ মহফিলে প্রচুর মানুষের সমাগম ঘটে। আল-খায়ের ফাউন্ডেশন সেই সভাগুলোকে কেন্দ্র করে মেডিকেল ক্যাম্প স্থাপন করে সভায় আসা গ্রামীণ মানুষের স্বাস্থ্য পরীক্ষা করে এবং একই সঙ্গে খাবারের ব্যবস্থা করে থাকে। মহফিলে মেডিকেল ক্যাম্প স্থাপন করে আল-খায়ের ফাউন্ডেশন বিগত ৩ বছরে প্রায় ১,০০০ মানুষকে বিনামূল্যে স্বাস্থ্যসেবা ও প্রয়োজনীয় ওষুধ প্রদান এবং ৩০,০০০ মানুষের এক বেলা খাবারের ব্যবস্থা করে।  
• ওয়ান পাউন্ড হাসপাতাল: ঢাকা-সিলেট হাইওয়ে থেকে মাত্র ৪ কিলোমিটার দূরত্বে সিলেটের বিশ্বনাথ উপজেলায় নির্মাণ করা হচ্ছে ওয়ান পাউন্ড জেনারেল হাসপাতাল। ২০২৩ সালে পাঁচতলা হাসপাতাল ভবনের নির্মাণ কাজ শুরু হয়েছে। আশা করা হচ্ছে ২০২৫ সালের প্রথমার্ধ থেকে সর্বসাধারণ হাসপাতলটি থেকে চিকিৎসাসেবা নিতে পারবে বলে। হাসপাতালটি চালু হলে একই সঙ্গে সিলেট, মৌলভীবাজর ও সুনামগঞ্জের মানুষ খুব সহজেই চিকিৎসাসেবা নিতে সক্ষম হবে।