আল-খায়ের ফাউন্ডেশনের অন্যতম লক্ষ্য সুবিধাবঞ্চিত মানুষের খাদ্য ও পুষ্টি নিশ্চিত করা। যে কোনো প্রাকৃতিক দুর্যোগে সবচেয়ে বিপদগ্রস্ত হয় সমাজের সুবিধাবঞ্চিত মানুষ। এ কারণে যখনই বন্যা, ঘূর্ণিঝড় বা জলচ্ছ্বাসের মতো প্রাকৃতিক দুর্যোগ এসেছে আল-খায়ের ফাউন্ডেশন নিরন্ন মানুষের কাছে খাদ্যসহায়তা নিয়ে ছুটে গেছে। দরিদ্র মানুষ যেন দুবেলা খেতে পায়, তা নিশ্চিতে খাদ্যসহায়তা দেওয়া হয় এই কর্মসূচির আওতায়। দুর্গতদের পুষ্টি নিশ্চিতে খাদ্যসামগ্রী তালিকায় রাখা হয়ে থাকে চাল, ডাল, আলু, গুঁড়োদুধ, ডিম, চিনি, লবণ ও তেল ইত্যাদি। 

প্রয়োজন মুহূর্তে দুর্গতদের অন্তত তিন সপ্তাহর খাদ্য ও পুষ্টি নিশ্চিত করে এই কর্মসূচি।